Retrato de Fray Alonso de Santo Tomás por Juan Bautista Maíno.

El niño era el fruto de los amores del rey Felipe IV con la citada dama. Su padre legal se vio obligado a casarse con Constanza a toda prisa, por lo que fue recompensado por el monarca.

Alonso quedó huérfano de padre a los tres años, siendo criado por sus abuelos paternos en Madrid hasta la muerte de éstos. En 1646, falleció don Baltasar Carlos, príncipe de Asturias, y desolado, el monarca hizo intentos por legitimar a Alonso y recibirlo en la Corte.

Sorprendentemente, el joven se negó y muy al contrario, decidió ingresar en la Orden de Santo Domingo, donde profesó en 1648. Ingresó en el Real Convento de Santo Domingo de Guzmán de Málaga y tomó el nombre de Fray Alonso de Santo Tomás.

El joven dominico completó sus estudios y volvió al convento en 1656 como regente prior y en 1658, obtuvo el cargo de provincial de la orden en Andalucía. En 1661, el rey lo nombra obispo de Osma, en 1663 de Plasencia y finalmente, en 1664, de Málaga.

Durante su obispado, en 1677, socorrió a la ciudad de Orán, víctima de la peste, que llegó a la propia Málaga en 1679. Fray Alonso realizó también realizó una gran labor asistencial en el posterior terremoto que asoló la ciudad en 1680.

Destacó como teólogo, filósofo y orador, publicó varios ensayos y fue protector de las artes y en concreto, de escultores como Pedro de Mena y Alonso Cano, con quien mantuvo una relación personal.

Falleció el 30 de julio de 1692, siendo enterrado en el Convento de Santo Domingo. Fray Alonso siempre se negó a reconocer la deshonra que para él supuso ser un bastardo real. Siempre desmintió el hecho de que su padre fuera el rey Felipe IV, aunque sin éxito.

Se conserva en el Museo Nacional de Arte de Cataluña (MNAC) un retrato realizado por Juan Bautista Maíno en el que el parecido con el monarca es extraordinario. Su origen ilegítimo probablemente le impidió llegar a cardenal.